Oligator

Une interface graphique pour dessiner la structure d'un oligosaccharide et produire la liste théorique de ses fragments en MS/MS, en s'appuyant sur la nomenclature d'usage. 
L'outil offre à l'utilisateur une grande flexibilité dans le choix des motifs oligosaccharidiques ainsi que dans les paramètres de fragmentation, pour s'approcher au mieux des conditions de l'expérience.
Pour configurer des substitutions chimiques indépendamment de tout référentiel, mais aussi pour conserver la structure décrite ou exploiter par la suite la liste de fragments avec des outils classiques (type R), Oligator utilise le système de notation SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System), répandu en chimio-informatique.

Langage :

Python 3

Où récupérer ?

https://github.com/vlollier/oligator                                                                                               

Publication(s) :

Lollier, V.; Fanuel, M.; Ropartz, D.; Tessier, D.; Rogniaux, H.
Oligator: a flexible interface to draw oligosaccharide structures and generate their theoretical tandem mass spectra
Bioinformatics, 2021
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab412

mzLabelEditor

Un outil d'aide à l'annotation de spectres expérimentaux de type MS/MS, dans l'idée de conserver le spectre annoté dans une librairie et capitaliser le travail d'interprétation. L'interface permet de conserver, associées au spectre annoté, les informations clés de l'expérience (instrument, mode d'ionisation, type de fragmentation, etc.).
L'annotation du spectre s'effectue en plaçant des étiquettes sur les pics d'intérêt. Ce processus peut être réalisé par comparaison à un autre spectre, utilisé comme référence (éventuellement un spectre théorique, tel que généré par Oligator) : l'interface permet de visualiser les deux spectres et de voir leurs pics en commun. Elle offre aussi des fonctionnalités classiques de manipulation de spectre (zoom, etc.).

Langage :

Java 8

Où récupérer ?

https://github.com/vlollier/mzLabelEditor                                                                                  

Publication(s) :

non publié

Esmraldi

Une bibliothèque logicielle pour réaliser une fusion d'images obtenues en spectrométrie de masse MALDI et en IRM. L'intérêt étant de faciliter l'exploitation conjointe des informations - différentes - apportées par ces deux modalités d'imagerie. 
La bibliothèque inclut des méthodes adaptées au traitement de chacune des données (noise reduction, peak picking, normalisation, etc.), des méthodes de segmentation, de recalage d'images, ainsi que d'analyse corrélative spatiale des images issues des deux modalités.

Langage :

Python

Où récupérer ?

https://github.com/fgrelard/Esmraldi

Publication(s) :

Grelard, F.; Legland, D.; Fanuel, M.; Arnaud, B.; Foucat, L.; Rogniaux, H.
Esmraldi: Efficient Methods for the Fusion of Mass Spectrometry and Magnetic Resonance Images.
BMC Bioinformatics 2021, 22 (1), 56.
https://doi.org/10.1186/s12859-020-03954-z

SpecOMS

SpecOMS permet d’interpréter les milliers de spectres expérimentaux obtenus dans le cadre d’une analyse protéomique, dans le but d'identifier et caractériser les protéines à grande échelle par spectrométrie de masse. Il est particulièrement bien adapté à l’interprétation réputée difficile des spectres issus de protéines portant des modifications chimiques. Ainsi, le logiciel SpecOMS est capable de comparer des dizaines de milliers de spectres expérimentaux à des centaines de milliers de spectres modélisés sans filtre sur leur masse à partir d'une banque de protéines pour retrouver les similarités et identifier les spectres, ceci en quelques minutes sur un poste de travail standard.

Langage :

Java
Nb : SpecOMS sera bientôt disponible en C++ (et intégré dans X!Tandem pipeline) 

Où récupérer ?

https://github.com/dominique-tessier/SpecOMS

Publication(s) :

David, M.; Fertin, G.; Rogniaux, H.; Tessier, D. 
SpecOMS: A Full Open Modification Search Method Performing All-to-All Spectra Comparisons within Minutes
J. Proteome Res. 2017, 16 (8), 3030–3038.
https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.7b00308

MorphoLibJ

MorphoLibJ est une librairie pour le traitement d’images 2D et 3D, basée sur des outils de morphologie mathématique : filtrage, segmentation, analyse de régions…

Langage :

Java (Plugin pour le logiciel ImageJ)

Où récupérer ?

https://github.com/ijpb/MorphoLibJ

Publication(s) :

Legland, D.; Arganda-Carreras, I.; Andrey, P. 
MorphoLibJ: integrated library and plugins for mathematical morphology with ImageJ                  
Bioinformatics. 2016, 32 (22), 3532–3534.
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw413